Bar u-baru ini, Enrichr telah ditingkatkan untuk mendukung input latar belakang. Ini dapat dilakukan dari UI dan API. Fitur baru lain yang ditambahkan bar u-baru ini adalah fungsi yang memungkinkan Anda untuk mengekspor hingga 100 set genetik beranotasi setelah melakukan pencarian metadata menggunakan pencarian istilah. Selain itu, banyak pustaka set gen baru telah ditambahkan. Descartes, Cellmarker, PanglaoDB, Tabula sapiens, Tabula muris, magnet, yatim piatu, magma, hdsigdb, penyakit ge yang diekstraksi dari set gen dipnet dan obat, literatur yang diekstraksi dari pfocr termasuk satu set, L1000 gangguan diikuti oleh gen gen yang ekspres, gen lncRA lncRA lncRA. Diekstraksi dari Fantom, set gen diekstraksi dari Syngo, Kinase Library, Kinase Library. Lincs, Hubmap, GTEX, IDG, Metabolomics Workbench, Glygen, Komp2. Selain itu, satu set gen yang diekstraksi dari penelitian geo yang terkait dengan diabetes ditambahkan ke Enrichr. Selain itu, perpustakaan set gen yang banyak digunakan dari KEGG, Ontologi Gen, Wikipathways, informasi genom tikus, katalog GWAS telah diperbarui. Akhirnya, faktor transfer dari set gen chip-seq CheA3 dan set gen terkait COVID-19 juga diperbarui.
Appyters, Perpustakaan Baru, Drugenrich r-March 29, 2021 < SPAN> GEN 777 LINK COUNTERMONMMENT
777 Tautan Sumber
Gen 777 Link Alternatif Bar u-baru ini, Enrichr telah ditingkatkan untuk mendukung input latar belakang. Ini dapat dilakukan dari UI dan API. Fitur baru lainnya ditambahkan bar u-baru ini
Gen 777 Link Alternatif
Bar u-baru ini, Enrichr telah ditingkatkan untuk mendukung input latar belakang. Ini dapat dilakukan dari UI dan API. Fitur baru lain yang ditambahkan bar u-baru ini adalah fungsi yang memungkinkan Anda untuk mengekspor hingga 100 set genetik beranotasi setelah melakukan pencarian metadata menggunakan pencarian istilah. Selain itu, banyak pustaka set gen baru telah ditambahkan. Descartes, Cellmarker, PanglaoDB, Tabula sapiens, Tabula muris, magnet, yatim piatu, magma, hdsigdb, penyakit ge yang diekstraksi dari set gen dipnet dan obat, literatur yang diekstraksi dari pfocr termasuk satu set, L1000 gangguan diikuti oleh gen gen yang ekspres, gen lncRA lncRA lncRA. Diekstraksi dari Fantom, set gen diekstraksi dari Syngo, Kinase Library, Kinase Library. Lincs, Hubmap, GTEX, IDG, Metabolomics Workbench, Glygen, Komp2. Selain itu, satu set gen yang diekstraksi dari penelitian geo yang terkait dengan diabetes ditambahkan ke Enrichr. Selain itu, perpustakaan set gen yang banyak digunakan dari KEGG, Ontologi Gen, Wikipathways, informasi genom tikus, katalog GWAS telah diperbarui. Akhirnya, faktor transfer dari set gen chip-seq CheA3 dan set gen terkait COVID-19 juga diperbarui.
Appyters, Perpustakaan Baru, Drugenrich r-March 29, 2021 Gen 777 Link Alternatif
777 Tautan Sumber
Gen 777 Link Alternatif Bar u-baru ini, Enrichr telah ditingkatkan untuk mendukung input latar belakang. Ini dapat dilakukan dari UI dan API. Fitur baru lainnya ditambahkan bar u-baru ini
Gen 777 Link Alternatif
Bar u-baru ini, Enrichr telah ditingkatkan untuk mendukung input latar belakang. Ini dapat dilakukan dari UI dan API. Fitur baru lain yang ditambahkan bar u-baru ini adalah fungsi yang memungkinkan Anda untuk mengekspor hingga 100 set genetik beranotasi setelah melakukan pencarian metadata menggunakan pencarian istilah. Selain itu, banyak pustaka set gen baru telah ditambahkan. Descartes, Cellmarker, PanglaoDB, Tabula sapiens, Tabula muris, magnet, yatim piatu, magma, hdsigdb, penyakit ge yang diekstraksi dari set gen dipnet dan obat, literatur yang diekstraksi dari pfocr termasuk satu set, L1000 gangguan diikuti oleh gen gen yang ekspres, gen lncRA lncRA lncRA. Diekstraksi dari Fantom, set gen diekstraksi dari Syngo, Kinase Library, Kinase Library. Lincs, Hubmap, GTEX, IDG, Metabolomics Workbench, Glygen, Komp2. Selain itu, satu set gen yang diekstraksi dari penelitian geo yang terkait dengan diabetes ditambahkan ke Enrichr. Selain itu, perpustakaan set gen yang banyak digunakan dari KEGG, Ontologi Gen, Wikipathways, informasi genom tikus, katalog GWAS telah diperbarui. Akhirnya, faktor transfer dari set gen chip-seq CheA3 dan set gen terkait COVID-19 juga diperbarui.
Appyters, Perpustakaan Baru, Drugenrichr – 29 Maret 2021
Tahun lalu, Enrichr menambahkan perpustakaan baru dari sumber daya berikut: TG GATES, Allen Brain Atlas 10x scRNA-seq, MSigDB Hallmark, Elsevier Pathway Collection, CCLE Proteomics, HMS LINCS KinomeScan, ProteomicsDB, P-HIPSTer Virus-host. Selain itu, perpustakaan kumpulan gen asli yang diperoleh dari skrining CRISPR, proteomik, dan analisis ekspresi gen diferensial dari COVID-19 SARS-CoV-2, perpustakaan lncRNA yang diekspresikan bersama dengan gen pengkode, dan teks tabel dari makalah yang disaring CRISPR pertambangan. Juga selama periode ini, kami mengembangkan DrugEnrichr, sebuah aplikasi berbasis web untuk analisis pengayaan kumpulan obat menggunakan kerangka kerja Enrichr. Selain itu, Enrichr Analysis Visualizer Appyter memberikan visualisasi alternatif dari hasil pengayaan, Enrichr Consensus Terms Appyter memungkinkan analisis pengayaan dilakukan di seluruh kumpulan kumpulan gen masukan, dan Pengayaan Independen memungkinkan analisis pengayaan di latar belakang yang diunggah beberapa Appyter yang terkait dengan Enrichr, termasuk Analysis Appyter, versi Enrichr untuk analisis data RNA-seq sel tunggal, Enrichr sel tunggal (scEnrichr) Appyter.
Pencarian Metadata, Perpustakaan Baru, EnrichrBot – 7 Januari 2020
Selama setahun terakhir, Enrichr terus ditingkatkan dengan banyak fitur baru, perpustakaan baru, dan perpustakaan yang diperbarui. Kami telah meningkatkan kecepatan komputasi uji eksak Fisher berkali-kali lipat, sehingga hasil pengayaan dapat diperoleh hampir secara instan. Menambahkan fungsionalitas pencarian istilah metadata, memungkinkan Anda mengambil daftar individual berdasarkan istilah pencarian yang cocok dengan istilah dalam kumpulan gen Anda. Selain itu, kami telah menambahkan beberapa perpustakaan baru, termasuk yang dibuat dari TRRUST, BioPlanet, Katalog GWAS, UK Biobank, ClinVar, PheWeb, dan DepMap. Selain itu, kami memperbarui perpustakaan berikut: WikiPathways, KEGG, InterPro, Pfam, MGI. Kami mengembangkan EnrichrBot untuk mempromosikan penggunaan Enrichr. Ini adalah bot Twitter yang menyediakan tautan ke Enrichr dan alat serta basis data lainnya dari berbagai sumber gen tunggal dan kumpulan gen manusia.
Peluncuran modEnrichr dan perpustakaan baru untuk penelitian gen & gen yang terkait dengan penyakit langka oleh PI yang didanai NIH – 23 Januari 2019
Modenrichr adalah perpanjangan dari platform Enrichr asli untuk empat model ikan, lalat, cacing tanah, dan ragi. Fishenrichr yang baru, Flyenrichr, Wormenrichr, dan Gene Gene Set Perpustakaan membuat gen ontologi (GO), profil ekspresi mRNA, generif, dan sumber daya biologis lainnya. Selain itu, perpustakaan dibuat dengan memprediksi fungsi genetik dari data ko-ekspresi RNA-seq, yang diproses secara seragam dari GEO untuk Kebun Binatang Archs4. Serangkaian alat Modenrichr menyediakan fungsi untuk mengubah daftar genetik antara spesies organisme menggunakan alat konversi ortolog yang secara otomatis mendeteksi spesies organisme dari himpunan genetik yang diajukan. Rilis Enrichr juga menciptakan empat perpustakaan baru untuk gen yang diterbitkan oleh PI yang menerima dana NIH, dan empat perpustakaan untuk penyakit kelangkaan. Untuk membuat delapan perpustakaan ini, kami menggabungkan daftar penyakit langka dari berbagai sumber dan membuat daftar NIH Funding PI menggunakan reporter. Setelah itu, kami mencari PubMed menggunakan istilah setiap nama PI atau penyakit langka. PMID yang dikembalikan dikonversi ke ID gen dengan generif atau autorif. Akhirnya, menggunakan data jaringan c o-Penekanan yang dibuat dari ARCHS4, gen yang terutama berkorelasi dengan empat PI baru dan set gen perpustakaan penyakit langka diidentifikasi, dan empat gen yang lebih prediktif dibuat.
Smart API dan Library dibuat dari Enrichr Quer y-Juni 18, 2018
Pembaruan Enrichr ini telah mengirimkan API Enrichr ke SmartAPI dan melaporkan bahwa Enrichr dapat diintegrasikan dengan alat dan produk lain dari NIH Data Commons. Rilis ini mencakup genom referensi baru manusia (HG19 dan HG38) dan mouse (MM9 dan MM10) untuk konversi dan mengunggah file bed. Sejak pembaruan sebelumnya, banyak pustaka set gen baru telah ditambahkan atau diperbarui. Dua perpustakaan baru telah dibuat dengan mengkonsolidasikan pengetahuan yang diekstraksi dari kueri Enrichr. Misalnya, âenrichr yang baru menyerahkan Perpustakaan TF-Gene Coocurrence terdiri dari semua faktor transfer manusia dan kueri yang dikirim oleh Enrichr. Demikian pula, kami telah membuat perpustakaan yang mengumpulkan gen paling populer tergantung pada metode akuisisi data. Misalnya, gen, yang berlimpah dalam sinar mikro dan tanda tangan RNA-seq. Selain itu, pustaka target RNA mikro Mirtarbase dan TargetScan telah ditambahkan dan diperbarui, dan perpustakaan yang dibuat dari DSIGDB telah ditambahkan. DSIGDB adalah sumber daya di mana obat, senyawa molekul rendah dan gen targetnya dikaitkan dengan berbagai data. Akhirnya, ketika menjelajah hasil Enrichr, ikon informasi untuk menampilkan informasi terperinci pada setiap perpustakaan set gen ditambahkan ke tampilan dasbor.
New Archs4 dan GO Library, Counter, Combination Scor e-Agustus 24, 2017
Dalam rilis ini, lima perpustakaan yang dihasilkan dari proyek ARCHS4 telah ditambahkan. Archs4 berisi data RNA-seq yang diperoleh dari lebih dari 100. 000 sampel, yang diprofilkan oleh dua platform urutan mendalam utama Hiseq 2000 dan HiSeq 2500. Setelah penyelarasan dan normalisasi, koekspresi dihitung untuk semua gen manusia. Dari matriks korelasi Kyoritsu ini, 300 gen teratas diwakili dengan faktor transkripsi, b) 300 gen teratas, c), yang dinyatakan sebagai kinase, c) yang menerangi proyek genom oba t-obatan (IDG) belum diteliti Tiga perpustakaan baru, 300 gen teratas, yang dikembangkan bersama dengan target penemuan obat. Selain itu, dua perpustakaan sel dan gen manusia, yang dibuat dari Archs4, dan sangat diekspresikan dalam jaringan, telah ditambahkan. Kedua perpustakaan ini dibuat dengan mengubah ekspresi masing-masing sel atau jaringan masing-masing sel atau jaringan menjadi skor-z. Selain itu, istilah tingkat tinggi dihapus berdasarkan proposal dari pengguna Enrichr, dan Perpustakaan Ontologi Gen diperbarui dalam proses yang lebih ketat. Dua penghitung baru telah ditambahkan ke halaman arahan, menunjukkan jumlah perpustakaan dan jumlah istilah per perpustakaan. Selain itu, metode perhitungan skor komposit diubah dengan mengalikan nilai P yang tidak adil dan skor Z ali h-alih nilai p setelah penyesuaian.
Perpustakaan Kedatangan / Pembaruan Bar u-Mei 5 Mei 2017 < SPAN> Dalam rilis ini, lima perpustakaan yang dihasilkan dari proyek ARCHS4 telah ditambahkan. Archs4 berisi data RNA-seq yang diperoleh dari lebih dari 100. 000 sampel, yang diprofilkan oleh dua platform urutan mendalam utama Hiseq 2000 dan HiSeq 2500. Setelah penyelarasan dan normalisasi, koekspresi dihitung untuk semua gen manusia. Dari matriks korelasi Kyoritsu ini, 300 gen teratas diwakili dengan faktor transkripsi, b) 300 gen teratas, c), yang dinyatakan sebagai kinase, c) yang menerangi proyek genom oba t-obatan (IDG) belum diteliti Tiga perpustakaan baru, 300 gen teratas, yang dikembangkan bersama dengan target penemuan obat. Selain itu, dua perpustakaan sel dan gen manusia, yang dibuat dari Archs4, dan sangat diekspresikan dalam jaringan, telah ditambahkan. Kedua perpustakaan ini dibuat dengan mengubah ekspresi masing-masing sel atau jaringan masing-masing sel atau jaringan menjadi skor-z. Selain itu, istilah tingkat tinggi dihapus berdasarkan proposal dari pengguna Enrichr, dan Perpustakaan Ontologi Gen diperbarui dalam proses yang lebih ketat. Dua penghitung baru telah ditambahkan ke halaman arahan, menunjukkan jumlah perpustakaan dan jumlah istilah per perpustakaan. Selain itu, metode perhitungan skor komposit diubah dengan mengalikan nilai P yang tidak adil dan skor Z ali h-alih nilai p setelah penyesuaian.
Perpustakaan Kedatangan / Pembaruan Bar u-Mei 5 Mei 2017 Dalam rilis ini, lima perpustakaan yang dihasilkan dari proyek ARCHS4 telah ditambahkan. Archs4 berisi data RNA-seq yang diperoleh dari lebih dari 100. 000 sampel, yang diprofilkan oleh dua platform urutan mendalam utama Hiseq 2000 dan HiSeq 2500. Setelah penyelarasan dan normalisasi, koekspresi dihitung untuk semua gen manusia. Dari matriks korelasi Kyoritsu ini, 300 gen teratas diwakili dengan faktor transkripsi, b) 300 gen teratas, c), yang dinyatakan sebagai kinase, c) yang menerangi proyek genom oba t-obatan (IDG) belum diteliti Tiga perpustakaan baru, 300 gen teratas, yang dikembangkan bersama dengan target penemuan obat. Selain itu, dua perpustakaan sel dan gen manusia, yang dibuat dari Archs4, dan sangat diekspresikan dalam jaringan, telah ditambahkan. Kedua perpustakaan ini dibuat dengan mengubah ekspresi masing-masing sel atau jaringan masing-masing sel atau jaringan menjadi skor-Z. Selain itu, istilah tingkat tinggi dihapus berdasarkan proposal dari pengguna Enrichr, dan Perpustakaan Ontologi Gen diperbarui dalam proses yang lebih ketat. Dua penghitung baru telah ditambahkan ke halaman arahan, menunjukkan jumlah perpustakaan dan jumlah istilah per perpustakaan. Selain itu, metode perhitungan skor komposit diubah dengan mengalikan nilai P yang tidak adil dan skor Z ali h-alih nilai p setelah penyesuaian.
Perpustakaan Kedatangan / Pembaruan Bar u-Mei 5 Mei 2017
Dalam rilis Enrichr ini, beberapa pustaka set genetik telah ditambahkan dan diperbarui. Perpustakaan fenotip mamalia MGI telah diperbarui, dan istilah 5231 yang menggambarkan jenis ekspresi sekarang disertakan. Perpustakaan ini berisi lebih banyak istilah daripada perpustakaan MGI lama yang terdiri dari 476 istilah. Versi lama dibuat pada 2013 dan sekarang dapat dikonfirmasi dalam kategori Legacy. Perpustakaan baru juga telah ditambahkan ke kategori kerumunan. Sampai sekarang, semua tanda tangan kategori kerumunan didasarkan pada penelitian mikro ray. Perpustakaan baru terdiri dari 1302 tanda tangan yang dibuat dari data RNA-seq. Perpustakaan ini mengandung penyakit, gen, dan tanda tangan obat yang diekstraksi dari Geo. Perpustakaan baru lainnya telah ditambahkan ke kategori jalur. Perpustakaan ini dibuat dari hu. map. Hu. map adalah database baru yang ditentukan oleh lebih dari 9000 percobaan analisis massa yang dilakukan oleh Lab Marcotte UT Austin. Sebuah makalah tentang proyek HU. Map diterbitkan di Biorxiv. Tiga perpustakaan baru telah ditambahkan ke kategori ontologi. Perpustakaan ini dibuat dari laboratorium Jensen, kompartemen, jaringan, dan kumpulan data Jensen University Copenhagen. Selain perpustakaan baru dan perpustakaan yang diperbarui, fungsi unggahan file bed telah diperbarui. Dukungan manusia HG18, HG91, HG38, dan Mouse mendukung MM9 dan MM10.
Visualisasi Dasbor dan Pembaruan Uji Enric h-12 Januari 2017
Versi baru dari EnrichR berisi banyak perubahan besar dan pembaruan. Hasil pengayaan sekarang ditampilkan sebagai ringkasan dari istilah yang diperkaya yang ditampilkan dalam grafik batang semua perpustakaan dalam kategori. Pembaruan penting lainnya adalah bahwa formula analisis pengayaan telah dimodifikasi agar sesuai dengan tes akurat Fisher klasik. Karena kompatibilitas belakang, skor terkonsentrasi lama dapat dikonfirmasi dalam “nilai P lama” dan “nilai P yang disesuaikan” dari spreadsheet yang dapat diunduh. Dalam rilis ini, ikon informasi yang memberikan penjelasan dari setiap perpustakaan juga telah ditambahkan. Ada juga dua perpustakaan baru, Drugmatrix Library dan Chea 2016. Chea 2016 Library berisi 250 entri baru dari penelitian publik tentang chip-seq yang dikumpulkan dan diproses selama setahun terakhir. Ini berarti bahwa ukuran CORE telah meningkat sebesar 63%.
Pembaruan Perpustakaan dan banyak fungsi bar u-Mei 4, 2016
Dalam rilis Enrichr ini, kami telah sangat memperluas bagian bantuan dan memperbarui penjelasan terperinci tentang Extended Enrichr API.
Selain itu, tombol analisis telah diubah dan nilai p setelah penyesuaian ditampilkan sebagai grafik batang dan tooltip tabel.
Istilah yang tidak biasa sekarang ditampilkan dalam warna ab u-abu. Selain itu, hasilnya ditampilkan sebagai gram cluster, dan gen yang paling umum ditampilkan dalam istilah yang paling diperkaya.
Selain itu, kualitas opsi pengayaan fuzzy telah ditingkatkan.
Sejak rilis sebelumnya, banyak perpustakaan telah diperbarui dan perpustakaan baru telah ditambahkan. Perpustakaan baru termasuk perpustakaan, GTEX, penuaan, ligan, patogen, dan asupan MCF7 yang dibuat dari data Lincs L1000. Perpustakaan yang diperbarui adalah sebagai berikut: KEGG, WikIpathways, Encode, Chea, Biocarta Pathways, Humancec, NCI-Nature Pathways, Panther.
Perpustakaan Chea yang Diperbarui, Perpustakaan Lincs L1000 Baru dan Aplikasi Seluler Harmonizom e-19 November 2015
Rilis baru Enrichr memperbarui database CHIP-X Enrichment Analysis (CHEA) dengan himpunan genetik yang diekstraksi dari 40 penelitian baru. Versi lama saat ini berada dalam kategori warisan untuk pencapaian.
Selain itu, konektivitas L1000 Peta Kimia Perturtion dari Broad Institute Lincs untuk transkriptomik. Versi lama dari data konektivitas peta Affymetrix diganti namanya menjadi CMAP lama.
Dalam rilis ini, fungsi ‘Find a Gene’ telah ditingkatkan, membuatnya lebih mudah untuk dipahami dan dijelaskan.
Enrichr memiliki tampilan kalender pasca statistik.
Rilis Enrichr ini juga mencakup beberapa perbaikan bug, tabel mengurutkan perbaikan, kanvas baru dan jaringan semua perpustakaan.
Geo2enrichr, set genetik yang dapat diunduh, dan perpustakaan bar u-11 Mei 2015
Geo2enrichr adalah fungsi tambahan baru yang terkait dengan Enrichr. Geo2enrichr adalah plug ekspansi browse r-in dan memungkinkan pengguna yang menguatkan untuk memproses tabel data ekspresi dari GEO atau penelitian mereka sendiri yang tidak dipublikasikan. Aplikasi ini diimplementasikan sebagai ekstensi chrome atau ad d-on firefox. Dengan Geo2enrichr, Anda dapat dengan cepat mengekstrak set data yang diterbitkan dalam GEO atau gen yang mengekspresikan dari data Anda sendiri dengan cepat dan menganalisis daftar ini dengan Enrichr. Anda dapat menonton video presentas i-Progress presentasi terbaru tentang geo2enrichr di youtube.
Seluruh Perpustakaan Set Gen Enrichr sekarang dapat diunduh. Kumpulan data ini dapat digunakan untuk analisis global, analisis lokal, dan alat baru. Jika Anda menggunakan file pustaka set genetik asli yang kami buat, harap hargai publikasi Enrichr.
Dalam beberapa bulan terakhir, beberapa perpustakaan set gen baru telah ditambahkan ke Enrichr: Humancec, NCI-Nature PID, Panther, Human Expressive Ontology dan Uberon Cross Species yang dibuat dari pustaka set genetik, perpustakaan set genetik yang diekstraksi dari database Escape, Perpustakaan set gen yang dikelompokkan berdasarkan usia evolusi yang dibuat dari Homologyne.
Enrichr Rilis Bar u-15 Desember 2014
Dalam rilis Enrichr ini, pangkalan Datata Perpustakaan Set Genetik sepenuhnya didesain ulang. Pembaruan ini telah mempercepat pemuatan dan hasil Enrichr.
Selain itu, kategori warisan yang mencantumkan perpustakaan set gen lama telah ditambahkan sehingga hasil pengayaan yang diperoleh sebelum perpustakaan ini diperbarui direproduksi.
Perpustakaan Ontologi Fenotip Manusia telah ditambahka n-4 November 2014
Ekspresi protein jaringan dari peta proteome manusia: Perpustakaan set genetik ini diperoleh dari slop tinggi, yang profil ekspresi protein dalam peta proteom manusia.
Ini adalah studi lereng tinggi yang profil ekspresi protein dalam 30 organisasi. Seperti disebutkan di atas, data dipetakan ke jaringan dengan set genetik.
Perpustakaan Set Genetik Bar u-September 15, 2014
Enrichr telah menambahkan tujuh pustaka set gen baru dan dua perpustakaan telah diperbarui. Harap baca di sini untuk detail setiap perpustakaan.
